কংগ্রেসে যোগ দেওয়ার পর থেকেই বারবার বিতর্কে জড়িয়েছেন নভজ্যোৎ সিং সিধু । পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রী ইমরান খানের শপথ গ্রহণ অনুষ্ঠানে যোগ দেওয়ার পর থেকেই বিতর্ক ওনার পিছু ছাড়ছে না। উনি পাক প্রধানমন্ত্রী শুভেচ্ছা বার্তা দিতে কেন্দ্র সরকার এবং কংগ্রেসের নির্দেশ উপেক্ষা করেই পৌঁছে যান পাকিস্তানে।
এরপর সেখানে গিয়ে ভারতীয় সেনাদের হত্যার ষড়যন্ত্র করা এবং সীমান্তে লাগাত সিজ ফায়ার লঙ্ঘন করার মূল অভিযুক্ত পাকিস্তানের সেনা প্রধানের সঙ্গে কোলাকুলি করে রোষের মুখে পড়েন। শুধু তাই নয়, সেখানে গিয়ে খালিস্তানি জঙ্গির সাথে বন্ধুত্বপূর্ণ সৌহার্দ্য পেশ করে বিতর্ক সৃষ্টি করেন নভজ্যোৎ সিং সিধু ।
এরপর থেকেই পঞ্জাবের মুখ্যমন্ত্রী ক্যাপ্টেন অমরিন্দর সিং এর সঙ্গে তাঁর
দ্বৈরথ শুরু হয়। বারবার দুজনের দ্বন্দ্ব প্রকাশ্যে চলে আসে। এরপর ১৪ ই ফেব্রুয়ারি জম্মু কাশ্মীরের পুলওয়ামায় হওয়া জঙ্গি হামলায়, সেনার মৃত্যুতে শোক প্রকাশ না করে, উনি পাকিস্তানের পক্ষে ব্যাট ধরেন।
পুলওয়ামায় হামলার পর নভজ্যোৎ সিং সিধু পাকিস্তানকে নিরীহ দেশ বলে সার্টিফিকেট দেন। সিধু এর পাক প্রেমের ফলে গোটা দেশ জুড়ে তাঁর বিরুদ্ধে সোশ্যাল মিডিয়ায় আন্দোলন চলে। আর এর জেরে সনি টিভির শো থেকে বাদ দেওয়া হয় নবজ্যোত সিং সিধু কে। আর এখন সবকিছুর পর তিনি পঞ্জাবের মন্ত্রিপদ থেকেও ইস্তফা দেন।